La guerra civil de Tayikistán (1992-1997) estalló tras la independencia de la Unión Soviética, enfrentando al gobierno secular del presidente Rahmon Nabiyev (y posteriormente de Emomali Rahmon) contra una heterogénea oposición islamista y democrática agrupada en la Oposición Unida Tayika (OUT).
El conflicto, marcado por violaciones a los derechos humanos y decenas de miles de muertos, tuvo una fuerte dimensión regional e internacional, donde Irán desempeñó un papel contradictorio: siendo el primer Estado en reconocer la independencia tayika, brindó apoyo multinivel a la oposición islamista, lo que generó una profunda desconfianza inicial en Dushanbé. Sin embargo, las relaciones bilaterales han mejorado en los últimos años.